Som overbygning til disse delmodeller udvikles en hovedmodel, der beskriver den samlede økonomiske aktivitet i Danmark. Hovedmodellen samler resultater fra delmodellerne, som for eksempel det samlede energiforbrug og den deraf afledte udledning af forurenende stoffer. Modellen sikrer ligeledes et fuldt integreret modelsystem således, at alle delmodeller og hovedmodellen hænger sammen og løses simultant.
Hovedmodellen udvikles som en generel ligevægtsmodel, der beskriver den samlede økonomiske aktivitet i Danmark, overførsler til og fra den offentliges sektor, energiforbruget og den deraf afledte udledning af forurenende stoffer fordelt på et stort antal brancher og på husholdningerne.
Modellen vil indeholde et stort antal sektorer, som det ligeledes er tilfældet i DREAMs eksisterende multisektormodel REFORM. Mens REFORM ikke beskriver økonomiens tilpasning over tid (modellen er statisk), udvikles GrønREFORM som en såkaldt dynamisk model, der beskrives den økonomiske udvikling fra år til år mange år ud i fremtiden.
Modeludviklingen tager afsæt i den modelstruktur og tekniske opbygning, der i DREAM er udviklet til vores økonomiske model MAKRO. Detaljeringsgraden i modelleringen af visse forhold vil dog være markant forskellig i de to modeller. Dette som følge af, at GrønREFORM skal give en god beskrivelse af effekter af miljø- og klimapolitiske tiltag over tid. MAKROs fokus er at beskrive tilpasningen fra den aktuelle konjunktursituation mod økonomiens langsigtsniveau.
Beskrivelsen af produktionen og investeringer i ny teknologi vil også blive mere kompleks end i MAKRO, for at GrønREFORM endogent kan beskrive, hvordan nye mindre forurenende teknologier fortrænger den eksisterende teknologi over tid afhængigt af den førte politik. Hvor det er muligt, skal GrønREFORM gøre brug af ekspertvurderinger i form af diverse fremskrivninger og bottom-up teknologikatologer.
GrønREFORM skal bestå af et fuldt integreret modelsystem, således at alle delmodeller og ligevægtsmodellen hænger sammen og løses simultant. Det kan ses i modsætning til et system af modeller, hvor man løser en model ad gangen, og itererer sig frem til en samlet løsning. Ønsket om en fuldt integreret model er begrundet af hensyn til at minimere den tid, det tager at lave eksperimenter med modellen, samt et ønske om at sikre fuld konsistens i beskrivelsen af samspillet mellem økonomiens forskellige sektorer. Men det er en udfordring, dels fordi det bidrager yderligere til modellens beregningsomfang, og dels fordi de teknologi-fokuserede modeller, der findes i dag, typisk rent teknisk ikke er forenelige med en generel ligevægtsmodel.
Delmodellerne skal, hvor det er muligt, anvende bottom-up data og forudsætninger i relevante teknologikataloger. Det vil blive tilstræbt at indarbejde den tekniske viden og data der for hvert område findes indlejret i specialiserede tekniske modeller. Ud over begrænsninger på ressourcer og ekspertviden i projektgruppen, er det overordnede mål om et fuldt integreret modelsystem også en begrænsende faktor i forhold til dette. Derfor skal der være mulighed for, at grundforløb og marginalegenskaber i praksis kan tilpasses til relevante eksterne fremskrivninger og ekspertvurderinger efter behov.
GrønREFORM skal kunne beskrive udledningen af de forurenende stoffer i Danmarks Statistiks emissionsregnskab fra samtlige erhverv samt husholdninger og det offentlige, og hvordan emissionskoefficienterne påvirkes af ændrede miljøafgifter og andre former for regulering, der indvirker på virksomhedernes omkostninger ved udledning. Det kræver udover et detaljeret datagrundlag, at afgift og støttesystemer beskrives forholdsvis detaljeret.